A Secretaria de Estado de Justiça é uma das mais antigas do Pará. Foi criada através do Decreto nº 996 de 16 de abril de 1902, com a denominação de Secretaria de Estado da Justiça, Interior e Instrução Pública.
Em 1951, atraves da Lei n° 400 de 30-06, passa a denominar-se Secretaria de Estado de Interior e Justiça.
Em 1982, atraves do Decreto n° 2231 de 12-05, recebe a denominação de Secretaria de Estado e Justiça.
Em 1994, através da Lei n° 5.827, de 04 de março, é estabelecida a composição organizacional da Secretaria de Justiça.
Em 1998, através da Lei nº 6.178, de 30 de dezembro, sofre nova denominação para Secretaria Executiva de Justiça.
Em 2007, através da Lei n° 7.029 de 30-07, foi instituída a promoção, proteção e reparação dos direitos humanos no estado, atribuindo esta competência à Secretaria Executiva de Justiça, passando então a denominar-se Secretaria de Estado de Justiça e Direitos Humanos (SEJUDH).
Em 2009, através do Decreto n° 1.602 de 07-04, é regulamentado o regimento interno da Sejudh.
Em 2015, através da Lei n° 8.096 de 01-01, ocorre a nova estruturação da Administração Pública e do Poder Executivo Estadual.
Em 2016, através da Lei n° 8.444 de 06-12, é instituido o programa que cria o Conselho de Proteção aos Defensores dos Direitos Humanos.
Em 2018, através da Lei n° 8.611 de 03-04, ocorre a alteração da estruturação da Sejudh e cria o Conselho Estadual de Política Indigenista.
Em 2023, através da Lei nº 9.927 de 18-05, ocorre a alteração da denominação e da estruturação organofuncional para Secretaria de Estado de Justiça (SEJU)